Valsts Aģentūras „Rīgas vēstures un kuģniecības muzejs” kompetencē ir Rīgas vēstures un Latvijas kuģniecības vēstures liecību vākšana, glabāšana, izpēte un popularizēšana. Muzejā glabājas viens no lielākajiem krājumiem Latvijā – vairāk nekā pusmiljons priekšmetu, kuri veido ap 80 kolekcijas. Muzejs apmeklētājiem piedāvā ekspozīcijas: „Rīgas vēsture”, „Latvijas kuģniecības vēsture”, „Sudraba kabinets” un „Martas Alberingas kabinets”, kā arī iepazīšanos ar arhitektūras pieminekļiem - Rīgas Doma krusteju un Kolonnu zāli. Muzejā tiek eksponētas izstādes un realizēta daudzveidīga izglītojošā un kultūras programma.
VA „Rīgas vēstures un kuģniecības muzejs” ir trīs filiāles: 1) „Mencendorfa nams. Rīdzinieku 17. – 18. gs. māja – muzejs”, 2) „Latvijas Fotogrāfijas muzejs”, 3) „Ainažu jūrskolas muzejs”.
