Naujenes Novadpētniecības muzeja ekspozīcijās un izstādēs atspoguļots novada un aizsargājamā ainavu apvidus „Augšdaugava” kultūrvēsturiskais mantojums. Muzeja atpazīstamību veido Naujenes pagastā dzimušās tēlnieces Valentīnas Zeiles mākslas ekspozīcija un atklātajā mākslas priekšmetu krājumā „Valentīnas Zeiles darbnīca” ir apskatāmi vairāk nekā 6000 mākslas darbi, kuri galvenokārt tapuši pirms tēlnieces aizbraukšanas uz Parīzi (1956 – 1982). 

Muzejā ir tapis Lielais Augšdaugavas musturdeķis, kura veidošanā iesaistījušies daudzi Latvijas iedzīvotāji un ārzemju viesi. Muzeja ekspozīcijās un izstādēs atspoguļoti stāsti par Daugavas ielejas un tuvākās apkārtnes iedzīvotāju tradicionālajām amatu prasmēm. Vēsturei, mākslai, etnogrāfijai un dabai veltītās ekspozīcijas var iepazīt latgaliešu, poļu, lietuviešu un slāvu kultūras mantojumu.