DNMM ir 17 zāles ar kultūrvēstures un dabas ekspozīcijām un daudzveidīgām izstādēm, kuras var baudīt arī gida vai audiogida pavadībā. Muzejā ir plašs muzejpedagoģisko programmu piedāvājums, katru gadu muzejs organizē Muzeju nakts pasākumus, Starptautisko leļļu festivālu, Patriotisko nedēļu ar sarkanbaltsarkano lentīšu locīšanas akciju un Lāčplēša dienas lāpu gājienu. DNMM piedāvā ekskursijas pa pilsētu un iespēju ielūkoties muzeja aizkulisēs ekskursijā krājumā. Katra mēneša pēdējā svētdienā tiek organizēta Ģimenes diena, aicinot ģimenes uz radošām darbnīcām un piedāvājot atraktīvas nodarbības.

Muzejam ir tautas lietišķās mākslas studijas – “Latgale” un “Klūga”, kurās ikkatram ir iespēja kļūt par keramiķi vai pinēju, kā arī muzeja struktūrvienība – Daugavpils Māla mākslas centrs, kurš popularizē keramikas mākslu un kreatīvo tūrismu.