Botānikas un mikoloģijas kolekciju pamats ir herbārijs (vairāk nekā 150 tūkstoši vienību), kā arī ievērojamu botāniķu K. R. Kupfera, F. E. Štolla, N.Maltas un citu vākumi.

Ģeoloģijas kolekcijās plaši pārstāvēti nozīmīgākie Latvijas derīgie izrakteņi – ģipšakmeņi, dolomīti, kaļķakmeņi, šūnakmeņi, māli un smilts-grants materiāls. Paleontoloģijas ekspozīcijas lepnums ir unikālie devona bruņuzivju atradumi.

Zooloģijas kolekcijas ekspozīcijās ir apskatāmas dažādas dzīvnieku grupas: sūkļi, koraļļi, gliemji, adatādaiņi, kukaiņi, zirnekļveidīgie, vēžveidīgie, zivis, abinieki, rāpuļi, putni, zīdītāji.